1）强直性脊柱炎：是一种主要累及脊柱关节和骶髂关节的自身免疫性疾病，青壮年男性多见。常常并发急性非肉芽肿性虹膜炎、巩膜炎，多双眼受累，一般先后发病，易复发，双眼交替发作。因此，反复发作葡萄膜炎，并发关节疼痛患者应该提高警惕是否存在强直性脊柱炎。
2）系统性红斑狼疮：是一种多系统损害的自身免疫病。眼部损害相对少见，表现为眼睑皮肤微隆起或萎缩的红斑，色素沉着或脱失，睑缘干燥有鳞屑。可反生继发性干燥综合症、边缘性角膜溃疡。也有少部分患者出现眼底改变，表现为视盘充血、水肿、缺血性视神经病变等。
3）白塞病：是以葡萄膜炎、口腔黏膜和外阴部溃疡、皮肤损害为特征的一种自身免疫病。眼部表现为反复发作的全葡萄膜炎，非肉芽肿性，部分患者可伴有前方积脓，眼底可见视网膜炎、视网膜血管炎。最病情进展，可出现并发性白内障、继发性青光眼等。
4）干燥综合症：是一种侵犯唾液腺、泪腺等外分泌腺体的自身免疫病。眼部常表现为眼干涩感、刺痛、异物感、灼热感、少泪；眼睑皮肤干燥或轻度水肿；结膜干燥、充血；角膜干燥，上皮剥脱，泪膜破裂时间变短等。
5）重症肌无力：一种主要累及横纹肌的自身免疫病，表现为横纹肌无力。90%患者出现眼外肌受累，主要表现为眼睑下垂，复视。两眼可同时或先后发病，晨起及休息睡眠后减轻，午后及劳累时加重。双侧常常不对称。